Las técnicas de reproducción asistida en ocasiones no están exentas de alguna complicación, la cual se puede producir en el momento de proceder a la extracción de óvulos, al igual que antes o después de conseguir un embarazo. Algunos de estos son:

Síndrome de hiperestimulación ovárica (SHO)

Para saber más sobre esté síndrome consulta este artículo sobre la hiperestimulación ovárica.

Lesiones debidas a la punción folicular

La extracción ovocitaria se realiza con una técnica de aspiración a través de una sonda de ecografía vaginal con una aguja en su extremo distal. Es una técnica que puede ocasionar lesiones en el aparato  reproductor  femenino: hemorragias,  infecciones o ruptura  de  quistes  endometriósicos.

Aborto espontáneo

Suele producirse en las primeras semanas de gestación y el riesgo es elevado: 20-22% de los casos.

Embarazo ectópico

El riesgo es algo mayor que cuando el embarazo se produce por métodos naturales: 2-5% con la fecundación in vitro (FIV), frente al 1-1,5%.

Otros riesgos obstétricos

La reproducción asistida también se ha relacionado con un ligero incremento del riesgo de parto pretérmino y de placenta previa.